信号肽通常位于氨基酸序列的N端,是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链,一般长度为5~30个氨基酸。信号肽的主要作用是促进蛋白分泌到胞外。在进行重组蛋白表达前,需要对序列进行信号肽预测,如果预测结果为序列中没有信号肽,则需要在后续载体构建过程中加上一段信号肽,以增加分泌蛋白的表达量。
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信号肽分析结果中,包含三个值:S-score、C-score和Y-score。
S-score:每个氨基酸对应1个S值,在结果显示的图标中有一个曲线显示S值的变化趋势,信号肽区域的S值较高
C-score:剪切位点的值。每个氨基酸会有一个C值,在剪切位点处的C值是最高的。
Y-score:Y值是综合考虑S值和C值的一个参数,其比单独考虑C值要精准,因为在一系列中C值可能有不止一个较高的位点,但是剪切位点只有一个;此时的剪切位点就由Y-max值来推测,S值是陡峭的位值和具有高C值的位点即为剪切点
其它常用序列分析工具:跨膜区预测 、疏水性分析工具 、抗原决定簇预测(v1)